Untuk skrip PHP yang berjalan sebagai CGI (di browser), lokasi php.ini ada di /etc/php5/cgi/ atau di /s/NAMASITUS/etc/ (jika menggunakan php.ini per-situs).
Namun skrip PHP yang berjalan di command-line (shell) atau lewat cron, PHP akan mencari php.ini di /etc/php5/cli/ . Karena itu jika Anda ingin menambahkan ekstensi tertentu atau mengubah setting php.ini, jika Anda memiliki akses root Anda dapat menyunting file php.ini di lokasi tersebut. Jika Anda hanyalah user biasa, maka Anda dapat memberitahu PHP di mana lokasi php.ini menggunakan opsi -c. Contoh di shell:
% php -c /s/example.com/etc/php.ini cmdline.php
Contoh di cron:
*/5 * * * * php -c /s/example.com/etc/php.ini /s/example.com/www/cron.php
