Kadang-kadang virtualhost manual (<VirtualHost>) juga diperlukan, misalnya jika ingin:
- menggunakan documentroot custom, tidak ke /s/SITE/www;
- menjalankan skrip CGI/PHP dengan user tertentu, tidak default USER atau cgi-USER;
- konfigurasi custom lain.
Jika ingin membuat <VirtualHost> manual, caranya adalah, buatlah file .conf di /etc/spanel/apache2/, misalnya /etc/spanel/apache2/mysite.conf lalu isikanlah konfigurasi Apache di sana. Setelah itu jangan lupa reload/restart Apache.